对不同地区而言，厄尔尼诺的影响可谓“冰火两重天”。一般而言，厄尔尼诺会导致太平洋西北地区及俄勒河流域冬季气温反常偏高，天气干燥，同时又会致使南部地区出现反常暴雨。在厄尔尼诺年，印度尼西亚、澳大利亚 、南亚次大陆和巴西东北部可能出现干旱，而从赤道中太平洋到南美西岸则多雨，在北美地区则是有利于大平原的降水。对于大宗商品而言，厄尔尼诺可谓是一只“黑天鹅”。

从历史经验看，厄尔尼诺发生时，农产品首当其冲，特别是咖啡、可可受影响明显，其次是白糖、橡胶和小麦、玉米等。

咖啡、可可：在厄尔尼诺之年，受影响最大的是咖啡、可可豆等品种的全球价格。咖啡的全球产量集中在巴西，约占全世界40%左右。作为全球波动率最高的品种，如果热带地区气候异常，咖啡价格便会急速上涨。

瑞银证券指出，1997年至1998年，全球遭遇强厄尔尼诺，这段时期咖啡价格上涨逾200%；即便2009年全球遭遇一次较小的厄尔尼诺时，咖啡价格也从2009年下半年开始上涨近100%。

同属热带作物的可可豆，其产量也基本集中在非洲(加纳、尼日利亚 、喀麦隆等)和南美地区(巴西、墨西哥 )。据国际可可组织预计，厄尔尼诺将使全球可可平均减产2.4%。2014年上半年可可豆价格已上涨了30%，达到两年来的高点。根据历史经验来推测，如果天气继续恶化，可可豆价格将被进一步推高20%-50%。

白糖：除了两个高波动率的品种，厄尔尼诺对糖价的影响也不容小觑。甘蔗适宜种植在热带和亚热带，主要生产国为巴西、印度和中国。甘蔗生长发育过程需要较高的温度和充沛的雨量，一般要求全年大于10℃的活动积温为5500℃-6500℃，年日照时数1400小时以上，年降雨量1200毫米以上，然而过量的降水对甘蔗的成长则会起到适得其反的作用。

历史上，厄尔尼诺现象给巴西地区带来大量的降雨，给甘蔗收获造成严重风险。据统计，2009年7月-2010年4月发生了一次中等强度的厄尔尼诺，造成巴西中南部降水偏多。过量的降水使得甘蔗糖含量下降，最终导致巴西2011/2012年度甘蔗总产量下降6%。受此影响，国际糖价连续9个月上涨，一度飙升至32.64美分/磅，创下历史最高值，累计涨幅达119.71%。此外，2009年的厄尔尼诺还曾引发了印度40年来最严重的旱灾，导致全球蔗糖价格大幅上涨。

银河证券的研究报告曾指出，若2014年发生厄尔尼诺现象，巴西、印度等主产国的甘蔗生产将会受到影响，2014/2015年度的全球白糖供求将会趋于紧张，这将有助于全球糖价的回升。

大豆：相比于厄尔尼诺可能给咖啡、可可和白糖等作物带来的减产，大豆则是受益于厄尔尼诺的品种。如果不出现极端洪涝灾害，厄尔尼诺给太平洋东部带来的充沛降雨，有利于改善南美及美国南部地区的深层土壤墒情。历史数据显示，在发生厄尔尼诺的年份，美国、巴西和阿根廷等主产国的大豆产量增长的概率更大。从CBOT大豆的历史价格走势看，在1997-1998年那次较严重的厄尔尼诺期间，大豆价格反而下跌了4%。

分析人士认为，目前全球大豆库存相对较高，库存消费比也创新高，如果后续厄尔尼诺现象适宜大豆丰产，则大豆价格有进一步下行的空间。

油脂：油脂方面，在预期的厄尔尼诺威胁下，分析师普遍看好棕榈油价格。“部分农产品有望走出牛市行情，比如油脂类品种。”南华期货分析师傅小燕接受中国证券报记者采访时曾指出，如果厄尔尼诺发生在7、8月份，并且持续时间较长，对棕榈油至少会产生2%以上的减产幅度。

国投中谷期货农产品研究员董甜甜也表示，市场重现厄尔尼诺炒作，油脂或能获得短期支撑，在此过程中或将伴随菜棕缩小等机会，油脂整体仍旧会在大豆供给压力下维持底部筑底过程。

橡胶：除了农产品，橡胶也难以独善其身。目前，全球橡胶的产地分布主要是在南北纬15度以内，主要集中在东南亚地区，种植面积占到了全球的90%以上，另外中国的云南 、海南等地也有种植。橡胶树对气象条件的要求主要是光、温、水和风。橡胶生产的适宜温度是在18℃-40℃之间，高产还需要充足的光照，同时橡胶耗水比较多，年降水量2000 毫米以上适合生长，但是降水量过多时也会引发胶原病，影响产胶量。除此之外，强风也可能对树木造成不可逆转的伤害，所以采割期的灾害型天气会对橡胶产量产生较大影响。

资料显示，厄尔尼诺发生会对全球橡胶产量产生较大影响。例如，2009年7月至2010年4月发生的厄尔尼诺，令东南亚很多地方遭受干旱，印尼2009年橡胶产量同比下降11.3%，橡胶价格持续上涨至2011年。2009年7月至2011年1月期间，天胶期货价格累计涨幅达118.7%，其间更是创出历史最高价。据印尼农业机构预测，若发生厄尔尼诺，2014/2015年度印尼橡胶产量将同比下降3%。