相关报告指出，分层之后，交易机制的设计仍然是重大难题。

6月27日，新三板分层后首个交易日，全市场挂牌公司股票成交8.52亿元，其中，做市方式转让的股票成交4.33亿元。当日，创新层953只股票中，460只股票有成交记录，成交6042.74万股，成交规模为5.09亿元，占全市场交易额接近六成，为59.74%。目前创新层有633只做市股票，320只协议转让股票。

于2015年2月12日挂牌新三板、今年5月17日转为做市转让方式的经证投资（证券代码832051）也入围了创新层。5月17日，经证投资做市转让首日实现逆势上扬，当日成交177.20万股，成交1446.18万元，当日换手率达到1.79%。自今年5月17日转入做市转让方式以来至6月27日收盘，已经累计成交338万股，成交金额为2661.62万元。

虽然创新层股票成交规模近六成，但作为新三板标杆性市场指数，三板做市指数昨日收报1145.81点，下跌5.84点，跌幅为0.51%，做市股票成交4.38亿元。

尽管此前全国股转系统表示，“挂牌公司分层与解决市场流动性没有必然联系。全国股转系统高度重视市场流动性问题，目前正根据市场的发展情况，研究解决流动性的措施”。但市场参与者仍期待提高流动性，并且提高流动性已经成为迫切需要。

近日由金融法律与金融监管研究基地（FLR）撰写完成的《中国金融监管报告（2016）》认为，从流动性改善看，分层机制对于整个市场的流动性改善有待观察。如果新三板市场的供求匹配存在巨大错配，交易定价机制不合理，市场融资及服务实体经济的功能不凸显，那么，处于创新层的挂牌公司慢慢地也会被市场的体制机制问题所影响，其流动性亦会慢慢被消蚀，而处于基础层的挂牌公司甚至会慢慢滑入无人问津的底部。分层制度实际上并不带来市场流动性的增加，只是改变了市场流动性的结构。

上述报告认为，新三板分层之后，为了适应创新层的发展，交易机制的设计仍然是一个重大的难题。从交易机制设计上来看，如果还是延续做市商制度，那么需要加快解决做市商制度的诸多问题，或者考虑是否能够在创新层引入竞价交易体系。