根据清科集团旗下私募通统计，截止到2016年6月新三板挂牌企业数量达到7685家，本月新增挂牌企业共249家，环比降低49.3%，其中新增的做市企业数量有37家；在所有挂牌企业中，有VC/PE支持的共75家，占比30.1%，环比下降了29.3%。挂牌数量对比5月接近“腰斩”，存在着公司由于需要补充半年报数据而不得不耽搁申报挂牌，而且目前新三板市场中符合挂牌要求的企业大部分已入场，还可能是由于企业存在着申报挂牌时直接进入创新层的打算，因而不急于挂牌。

6月24日股转系统正式发布了创新层挂牌公司名单的公告，此次分层，共有953企业入选创新层，其余6732家企业自动成为基础层企业，入选比例约为12.0%。27日起，新三板市场正式迎来了分层时代。

6月新三板市场总成交金额为122.29亿元人民币，其中做市转让成交额为65.37亿元人民币，较4月的79.29亿元人民币下降了21.3%，协议转让成交额56.92亿元人民币，与5月基本持平。创新层和基础层的企业6月成交金额都维持在14亿元人民币左右，创新层和基础层企业成交总量分别为2.02亿股和5.79亿股，日均成交数量为21.18万股和8.60万股。总体来说，创新层企业的交易状况还是好于基础层企业，交易频率更高，融资能力更强。

6月初，全国股转系统给各主办券商下发了《关于加强挂牌公司重大事件信息披露的通知》，规定挂牌公司涉及重大事件的应及时披露相关信息，用以减少大股东频繁占款、实际控制人跑路的违规现象。志能祥赢挂牌之时存在着信披违规，使得其与创新层企业失之交臂，也显示出了监管层对于信息披露的重视程度。6月末，股转系统发布了《关于终止朗顿教育和中成新星股票挂牌的公告》，除了这两家没有按时披露年报的企业被强制摘牌外，另有5家公司提交的主动终止挂牌申请正在核查中。这是股转系统首次实施的强制摘牌举措，同时表示，将加快制定出台挂牌公司终止挂牌的实施细则，建立常态化退出机制。

6月股转系统还发布了《全国中小企业股份转让系统主办券商内核工作指引(试行)》的公告，进一步明确了主办券商内核职责及工作要求。此外，证监会部署了对于上市企业欺诈发行和信息披露违法违规行动，其中中介机构也将被严查。资本市场的从严监管同样对挂牌企业尤其是创新层企业的主办券商来说也有所约束。

在市场扩容的背景下，企业融资总额和融资价格却呈下滑趋势。尽管市场对创新层改善市场整理流动性有着不小的期待，新三板分层后预计有大资金热情释放的现象并没有上演。新三板交易额出现了短暂微量上升，但做市指数却仍在走下坡。根据股转系统披露的数据，在分层制度推出后的4个工作日内，日均成交股票数维持在930-980家之间，成交金额在5亿元人民币左右，考虑到少数的两三家公司交易就可能已经上亿元了，可以推断大多数公司已经有相当长时间没有成交金额。A股的持续低迷一直传染着新三板，整个市场整体盈利情况不佳，流动性问题仍待改善。

与此同时，新三板定增融资金额连续跌破亿元，6月定增金额仅85.09亿元，新股发行次数也显著下降，刷新一年以来的新低，仅195次。新三板年内最大制度利好兑现后，市场预期已经发生转变，一方面挂牌企业不急于融资，期待更多的配套措施出台之时待价而沽，另一方面二级市场的冷冻效应对一级市场融资的传导影响，引发投资者的审慎态度。