2016年新三板市场表现不佳，整体成交金额不断走低，做市指数和三板成指不断下跌;定增市场快速降温，实际定增额和定增数量都呈下降趋势。民生新三板研究团队认为，股权投资趋冷、市场供需失衡、制度创新预期摇摆不定是2016年新三板市场表现不佳的主要原因。

民生证券指出，具体而言，新三板市场存在三重担忧：市场表现不佳，流动性困境仍未解决;IPO提速对新三板的影响存在争议;制度创新预期不定，定位模糊引发投资者忧虑。

事实上，目前市场整体日均成交金额仍在10亿元徘徊，且做市转让股票的流动性并未有显著改善。而表面上的成交企稳回暖并未考虑新增挂牌数量增加对流动性的稀释作用，从周换手率看，11月份做市转让周换手率均值为0.157%，明显低于年初1月份0.372%的水平。

同时，二级市场跌幅全市场最大，投资者承受损失。三板做市指数已经由2015年年末的1438点跌落到2016年11月29日的1091.97点，跌幅达到24.06%;三板成指也从15年年末的1484.5下降到2016年11月29日的1157.54点，跌幅达到22.02%。在与沪深300、创业板、中小板等主要指数的比较中，新三板做市指数表现最差。

值得关注的的，“IPO提速导致更多三板企业转板，新三板市场将进一步边缘化。”民生证券表示，2016年以来已经有超过40家新三板公司主动摘牌，并有12家公司在摘牌后成功进入A股市场。与此同时，新三板上已经有250家公司正在接受上市辅导。IPO的提速和企业自身的诉求可能会让大量的优质三板公司离开新三板，从而导致新三板市场的优良投资标的不断减少，整个新三板市场面临着被边缘化的风险。

他们还认为，新三板定位不明，还未确定是独立市场还是半独立市场。

定位的不明确在某种程度上降低了市场各方对新三板的预期。无论是2013年底的国务院49号文还是2015年11月证监会《关于进一步推进全国中小企业股份转让系统发展的若干意见》，都没有彻底解决新三板市场的独立性问题。如果未来新三板被完全定义为附属市场，则容易导致大量优质企业从新三板流失，产生“逆向选择”效应。