与普通投机交易关注绝对价格变化不同，股指期货期现套利交易是从不同合约彼此之间的相对价格差异套取利润，套利交易具有低波动率、低成本、稳定收益和风险较低等优势。但股指期货的期现套利交易并非无风险的，套利行为中的风险因素主要有以下几个方面：

股票现货组合跟踪误差风险

一般而言，跟踪误差就是指数化跟踪投资组合的收益率与目标指数收益率之间的偏差。从理论上讲，按照一定方式构建的投资组合可以完全跟踪目标指数的收益率，但在实际操作中，由于跟踪投资组合必须面对现实市场中各种不同类型的投资规则和约束条件，比如交易规则、股息发放时间的不确定、大市值股票上市等，因此投资组合的变动与目标指数之间往往存在一定的差异。

目前，在内地还没有上市沪深300ETF基金的情况下，投资者只能通过构建股票组合或者基金组合的方式来拟合沪深300指数的走势，但由于流动性、样本股调整等因素的存在，跟踪误差是必然存在的，投资者在实际操作中应尽量采取相应的技术手段来最大限度地降低跟踪误差风险，甚至将组合偏差向有利于套利交易的方向发展。

流动性风险

目前沪深300指数现货的构建主要是样本股组合、基金组合两种方式，但由于部分股票或者基金的流动性不太理想，一些资金量较大的机构在建仓时容易产生较大的冲击成本，进而会影响到套利交易的收益水平。当然，股指期货市场的流动性风险也要加以关注。由于沪深300股指期货的高门槛，上市初期参与的人数有限，一些开户成功的个人和机构在交易初期也会相对谨慎，那么就可能会导致部分月份合约的交易量不大，因此，投资者在套利月份选择上也要注意选择成交活跃的月份。

此外，虽然融资融券交易已经推出，但融券的标的股票数目受到严格限制，因此，可以说现在股票现货市场上的做空机制仍然不够健全。这意味着，市场上即使出现了反向套利的机会，但在无法有效卖空股票现货的情况下，投资者参与难度非常大，这就限制了投资者反向套利的机会。

资金管理风险

期货交易是保证金交易，由于资金管理不善而发生的爆仓和强制平仓事件时有发生，因此，单向趋势性交易的投资者都非常注意资金管理问题。但套利交易中的资金管理风险容易被忽视。在实际操作中，套利交易者也应注意做好资金管理。

如果保证金投入不足，异常的市场波动将逼迫投资者追加期货保证金，若不能及时追加，期货头寸将会被交易所强平，那么套利活动会被迫提前结束，发生的亏损就将无法挽回。尤其是在突发事件发生时出现了期现价差持续扩大的情况，利用统计套利模式进行操作的投资者更要特别注意做好资金管理。