持有期损益就是指持有债券期间的票息收入减去资金成本。

如果国债的票息超过资金成本，那么持有国债就可以带来正的持有期收益，即可以获利。资金成本可以是购买国债的资金来源的成本，内部资金的成本，或者机会成本。举例来说，如果一个投资者购买国债的资金来源是回购，那么资金的成本他需要按照回购来计算，假设国债票息3%，回购的利率是2.7%，那么他每天可以获得（3%-2.7%）×1/365的回报，如果回购利率是3.5%，那么他则每天面临-0.5%×1/365的亏损。再如，一家金融机构的自营，其资金成本是Shibor+75bps，如果Shibor是3.3%，则自营资金的成本是4.05%，假设国债票息3%，那么持有国债对于该机构的自营交易来说是亏损的，每天的收入不能覆盖资金成本。最后我们举个例子来说明机会成本。如果一个机构的资金本来打算去做逆回购，看见国债有些机会，打算做国债，那么资金的机会成本应该按照逆回购来计算，一般来说逆回购的利率就是国债投资的资金成本，通常而言，逆回购低于5～7年国债的收益率，不过在季末、节前资金紧张期间，逆回购利率可能会高于国债票息。

当然，如果投资者以自有资金来交易国债，并且不考虑机会成本，那么持有期收益就是票息，个人投资者往往会这么做，不过对于机构投资者来说，还是需要考虑资金成本的。

以上三种方式在不同的投资者眼中，看法不尽相同。有些投资者会觉得例如回购等方式是计量持有期成本更好的方式，有些投资者不能进行回购融资，因此内部的资金成本和机会成本是此类投资者衡量资金成本的方式。

这样可能造成一个问题，投资者计量资金成本不同，造成相同的交易在各家的盈亏计量不相同，例如：

国债票息3.2%，回购成本2.9%，Shibor为3%。A投资者使用回购融资，B投资者不能使用回购，主要采用自有资金，资金成本是Shibor+50bps。在此情况下，A投资者的持有期损益=3.2%-2.9%=0.3%，持有债券可以带来正的回报和现金流，对于B投资者来说，虽然没有回购融资的现金流支出，但回报是负的，持有期收益率=3.2%-3.5%=-0.3%。